Isotonic Regression

Tracking Pango lineages by name

Options

Pango lineage designation
in GISAID

Test		Background
			If the test set is a subset of the background set, the frequency of the test set within the background set will be compared over time (e.g. BA.2 (test) within all Omicrons (background)). If the test set is not in the background set, the frequency of test set will be compared to the combination (e.g. Delta (test) within [Delta (test)+Omicron (background]).

Assumption

Test lingeages are increasing decreasing over time

Filter by

collection date	-
host

Geographic level

last modified: Tue Jan 18 18:24 2022

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Alpha (B.1.1.7 and Q.*)
Delta (B.1.617.2 and AY.*)
Epsilon (B.1.429 and B.1.427)
Gamma (P.1 and P.1.*)
Lambda (C.37 and C.37.*)
Mu (B.1.621 and B.1.621.*)
Omicron (B.1.1.529 and BA.*)
Omicron BA.1 (BA.1*)
Omicron BA.2 (BA.2*)
B.1.1.318 (B.1.1.318 and AZ.*)
───────────────────
A
A.1
A.11
A.12
A.15
A.16
A.17
A.18
A.19
A.2
A.2.2
A.2.3
A.2.4
A.2.5
A.2.5.1
A.2.5.2
A.2.5.3
A.21
A.22
A.23
A.23.1
A.24
A.25
A.26
A.27
A.28
A.29
A.3
A.30
A.4
A.5
A.6
A.7
A.9
AA.1
AA.2
AA.3
AA.4
AA.5
AA.6
AA.7
AA.8
AB.1
AC.1
AD.1
AD.2
AD.2.1
AE.1
AE.2
AE.3
AE.4
AE.5
AE.6
AE.7
AE.8
AF.1
AG.1
AH.1
AH.2
AH.3
AJ.1
AK.1
AK.2
AL.1
AM.1
AM.2
AM.3
AM.4
AN.1
AP.1
AQ.1
AQ.2
AS.1
AS.2
AT.1
AU.1
AU.2
AU.3
AV.1
AW.1
AY.1 (Delta)
AY.10 (Delta)
AY.100 (Delta)
AY.101 (Delta)
AY.102 (Delta)
AY.102.1 (Delta)
AY.102.2 (Delta)
AY.103 (Delta)
AY.103.1 (Delta)
AY.103.2 (Delta)
AY.104 (Delta)
AY.105 (Delta)
AY.106 (Delta)
AY.107 (Delta)
AY.108 (Delta)
AY.109 (Delta)
AY.11 (Delta)
AY.110 (Delta)
AY.111 (Delta)
AY.112 (Delta)
AY.112.1 (Delta)
AY.112.2 (Delta)
AY.112.3 (Delta)
AY.113 (Delta)
AY.114 (Delta)
AY.116 (Delta)
AY.116.1 (Delta)
AY.117 (Delta)
AY.118 (Delta)
AY.119 (Delta)
AY.119.1 (Delta)
AY.119.2 (Delta)
AY.120 (Delta)
AY.120.1 (Delta)
AY.120.2 (Delta)
AY.120.2.1 (Delta)
AY.121 (Delta)
AY.121.1 (Delta)
AY.122 (Delta)
AY.122.1 (Delta)
AY.122.2 (Delta)
AY.122.3 (Delta)
AY.122.4 (Delta)
AY.122.5 (Delta)
AY.122.6 (Delta)
AY.123 (Delta)
AY.123.1 (Delta)
AY.124 (Delta)
AY.124.1 (Delta)
AY.124.1.1 (Delta)
AY.125 (Delta)
AY.125.1 (Delta)
AY.126 (Delta)
AY.127 (Delta)
AY.127.1 (Delta)
AY.127.2 (Delta)
AY.127.3 (Delta)
AY.128 (Delta)
AY.129 (Delta)
AY.13 (Delta)
AY.131 (Delta)
AY.132 (Delta)
AY.133 (Delta)
AY.134 (Delta)
AY.14 (Delta)
AY.15 (Delta)
AY.16 (Delta)
AY.16.1 (Delta)
AY.17 (Delta)
AY.18 (Delta)
AY.19 (Delta)
AY.2 (Delta)
AY.20 (Delta)
AY.20.1 (Delta)
AY.21 (Delta)
AY.22 (Delta)
AY.23 (Delta)
AY.23.1 (Delta)
AY.23.2 (Delta)
AY.24 (Delta)
AY.24.1 (Delta)
AY.25 (Delta)
AY.25.1 (Delta)
AY.25.1.1 (Delta)
AY.25.1.2 (Delta)
AY.25.2 (Delta)
AY.25.3 (Delta)
AY.26 (Delta)
AY.26.1 (Delta)
AY.27 (Delta)
AY.28 (Delta)
AY.29 (Delta)
AY.29.1 (Delta)
AY.29.2 (Delta)
AY.3 (Delta)
AY.3.1 (Delta)
AY.3.2 (Delta)
AY.3.3 (Delta)
AY.3.4 (Delta)
AY.30 (Delta)
AY.31 (Delta)
AY.32 (Delta)
AY.33 (Delta)
AY.33.1 (Delta)
AY.33.2 (Delta)
AY.34 (Delta)
AY.34.1 (Delta)
AY.34.1.1 (Delta)
AY.34.2 (Delta)
AY.35 (Delta)
AY.36 (Delta)
AY.36.1 (Delta)
AY.37 (Delta)
AY.38 (Delta)
AY.39 (Delta)
AY.39.1 (Delta)
AY.39.1.1 (Delta)
AY.39.1.2 (Delta)
AY.39.1.3 (Delta)
AY.39.1.4 (Delta)
AY.39.2 (Delta)
AY.39.3 (Delta)
AY.4 (Delta)
AY.4.1 (Delta)
AY.4.10 (Delta)
AY.4.11 (Delta)
AY.4.12 (Delta)
AY.4.13 (Delta)
AY.4.14 (Delta)
AY.4.15 (Delta)
AY.4.16 (Delta)
AY.4.17 (Delta)
AY.4.2 (Delta)
AY.4.2.1 (Delta)
AY.4.2.2 (Delta)
AY.4.2.3 (Delta)
AY.4.2.4 (Delta)
AY.4.2.5 (Delta)
AY.4.3 (Delta)
AY.4.4 (Delta)
AY.4.5 (Delta)
AY.4.6 (Delta)
AY.4.7 (Delta)
AY.4.8 (Delta)
AY.4.9 (Delta)
AY.40 (Delta)
AY.41 (Delta)
AY.42 (Delta)
AY.42.1 (Delta)
AY.43 (Delta)
AY.43.1 (Delta)
AY.43.2 (Delta)
AY.43.3 (Delta)
AY.43.4 (Delta)
AY.43.5 (Delta)
AY.43.6 (Delta)
AY.43.7 (Delta)
AY.43.8 (Delta)
AY.43.9 (Delta)
AY.44 (Delta)
AY.45 (Delta)
AY.46 (Delta)
AY.46.1 (Delta)
AY.46.2 (Delta)
AY.46.3 (Delta)
AY.46.4 (Delta)
AY.46.5 (Delta)
AY.46.6 (Delta)
AY.46.6.1 (Delta)
AY.47 (Delta)
AY.48 (Delta)
AY.49 (Delta)
AY.5 (Delta)
AY.5.1 (Delta)
AY.5.2 (Delta)
AY.5.3 (Delta)
AY.5.4 (Delta)
AY.5.5 (Delta)
AY.5.6 (Delta)
AY.5.7 (Delta)
AY.50 (Delta)
AY.51 (Delta)
AY.52 (Delta)
AY.53 (Delta)
AY.54 (Delta)
AY.55 (Delta)
AY.56 (Delta)
AY.57 (Delta)
AY.58 (Delta)
AY.59 (Delta)
AY.6 (Delta)
AY.60 (Delta)
AY.61 (Delta)
AY.62 (Delta)
AY.63 (Delta)
AY.64 (Delta)
AY.65 (Delta)
AY.66 (Delta)
AY.67 (Delta)
AY.68 (Delta)
AY.69 (Delta)
AY.7 (Delta)
AY.7.1 (Delta)
AY.7.2 (Delta)
AY.70 (Delta)
AY.71 (Delta)
AY.72 (Delta)
AY.73 (Delta)
AY.74 (Delta)
AY.75 (Delta)
AY.75.2 (Delta)
AY.75.3 (Delta)
AY.76 (Delta)
AY.77 (Delta)
AY.78 (Delta)
AY.79 (Delta)
AY.8 (Delta)
AY.80 (Delta)
AY.81 (Delta)
AY.82 (Delta)
AY.83 (Delta)
AY.84 (Delta)
AY.85 (Delta)
AY.86 (Delta)
AY.87 (Delta)
AY.88 (Delta)
AY.9 (Delta)
AY.9.2 (Delta)
AY.9.2.1 (Delta)
AY.9.2.2 (Delta)
AY.90 (Delta)
AY.91 (Delta)
AY.91.1 (Delta)
AY.92 (Delta)
AY.93 (Delta)
AY.94 (Delta)
AY.95 (Delta)
AY.98 (Delta)
AY.98.1 (Delta)
AY.99 (Delta)
AY.99.1 (Delta)
AY.99.2 (Delta)
AZ.1 (B.1.1.318AZ)
AZ.2 (B.1.1.318AZ)
AZ.2.1 (B.1.1.318AZ)
AZ.3 (B.1.1.318AZ)
AZ.4 (B.1.1.318AZ)
AZ.5 (B.1.1.318AZ)
AZ.6 (B.1.1.318AZ)
B
B.1
B.1.1
B.1.1.1
B.1.1.10
B.1.1.100
B.1.1.101
B.1.1.107
B.1.1.109
B.1.1.110
B.1.1.111
B.1.1.112
B.1.1.113
B.1.1.114
B.1.1.115
B.1.1.116
B.1.1.117
B.1.1.118
B.1.1.119
B.1.1.12
B.1.1.120
B.1.1.121
B.1.1.122
B.1.1.123
B.1.1.125
B.1.1.127
B.1.1.128
B.1.1.129
B.1.1.13
B.1.1.130
B.1.1.132
B.1.1.133
B.1.1.134
B.1.1.135
B.1.1.136
B.1.1.137
B.1.1.138
B.1.1.139
B.1.1.14
B.1.1.141
B.1.1.142
B.1.1.144
B.1.1.145
B.1.1.147
B.1.1.148
B.1.1.149
B.1.1.15
B.1.1.152
B.1.1.153
B.1.1.154
B.1.1.155
B.1.1.157
B.1.1.158
B.1.1.159
B.1.1.16
B.1.1.160
B.1.1.161
B.1.1.162
B.1.1.163
B.1.1.164
B.1.1.165
B.1.1.166
B.1.1.168
B.1.1.169
B.1.1.17
B.1.1.170
B.1.1.171
B.1.1.172
B.1.1.174
B.1.1.175
B.1.1.176
B.1.1.177
B.1.1.178
B.1.1.180
B.1.1.181
B.1.1.182
B.1.1.184
B.1.1.185
B.1.1.186
B.1.1.187
B.1.1.189
B.1.1.190
B.1.1.191
B.1.1.192
B.1.1.193
B.1.1.194
B.1.1.196
B.1.1.197
B.1.1.198
B.1.1.200
B.1.1.201
B.1.1.202
B.1.1.203
B.1.1.204
B.1.1.205
B.1.1.207
B.1.1.208
B.1.1.209
B.1.1.210
B.1.1.213
B.1.1.214
B.1.1.216
B.1.1.217
B.1.1.218
B.1.1.219
B.1.1.220
B.1.1.221
B.1.1.222
B.1.1.224
B.1.1.225
B.1.1.226
B.1.1.227
B.1.1.228
B.1.1.229
B.1.1.230
B.1.1.231
B.1.1.232
B.1.1.234
B.1.1.236
B.1.1.237
B.1.1.239
B.1.1.240
B.1.1.241
B.1.1.242
B.1.1.243
B.1.1.244
B.1.1.249
B.1.1.25
B.1.1.251
B.1.1.253
B.1.1.254
B.1.1.255
B.1.1.256
B.1.1.257
B.1.1.258
B.1.1.26
B.1.1.261
B.1.1.262
B.1.1.263
B.1.1.265
B.1.1.266
B.1.1.267
B.1.1.268
B.1.1.269
B.1.1.27
B.1.1.270
B.1.1.271
B.1.1.272
B.1.1.273
B.1.1.274
B.1.1.275
B.1.1.277
B.1.1.279
B.1.1.28
B.1.1.280
B.1.1.282
B.1.1.283
B.1.1.284
B.1.1.285
B.1.1.286
B.1.1.288
B.1.1.289
B.1.1.29
B.1.1.290
B.1.1.291
B.1.1.294
B.1.1.296
B.1.1.297
B.1.1.298
B.1.1.299
B.1.1.3
B.1.1.30
B.1.1.300
B.1.1.301
B.1.1.302
B.1.1.303
B.1.1.304
B.1.1.305
B.1.1.306
B.1.1.307
B.1.1.308
B.1.1.309
B.1.1.31
B.1.1.310
B.1.1.311
B.1.1.312
B.1.1.315
B.1.1.316
B.1.1.317
B.1.1.318 (B.1.1.318AZ)
B.1.1.319
B.1.1.320
B.1.1.322
B.1.1.323
B.1.1.324
B.1.1.325
B.1.1.326
B.1.1.327
B.1.1.328
B.1.1.329
B.1.1.33
B.1.1.330
B.1.1.331
B.1.1.332
B.1.1.333
B.1.1.334
B.1.1.335
B.1.1.336
B.1.1.337
B.1.1.338
B.1.1.339
B.1.1.34
B.1.1.340
B.1.1.341
B.1.1.342
B.1.1.343
B.1.1.344
B.1.1.345
B.1.1.346
B.1.1.347
B.1.1.348
B.1.1.349
B.1.1.350
B.1.1.351
B.1.1.352
B.1.1.353
B.1.1.354
B.1.1.355
B.1.1.356
B.1.1.357
B.1.1.358
B.1.1.359
B.1.1.360
B.1.1.361
B.1.1.362
B.1.1.363
B.1.1.364
B.1.1.365
B.1.1.366
B.1.1.367
B.1.1.368
B.1.1.369
B.1.1.37
B.1.1.370
B.1.1.371
B.1.1.372
B.1.1.373
B.1.1.374
B.1.1.375
B.1.1.376
B.1.1.377
B.1.1.378
B.1.1.379
B.1.1.38
B.1.1.380
B.1.1.381
B.1.1.382
B.1.1.383
B.1.1.384
B.1.1.385
B.1.1.386
B.1.1.387
B.1.1.388
B.1.1.389
B.1.1.39
B.1.1.391
B.1.1.392
B.1.1.393
B.1.1.394
B.1.1.395
B.1.1.396
B.1.1.397
B.1.1.398
B.1.1.399
B.1.1.4
B.1.1.40
B.1.1.400
B.1.1.401
B.1.1.402
B.1.1.403
B.1.1.404
B.1.1.405
B.1.1.406
B.1.1.407
B.1.1.408
B.1.1.409
B.1.1.41
B.1.1.410
B.1.1.411
B.1.1.412
B.1.1.413
B.1.1.414
B.1.1.415
B.1.1.416
B.1.1.417
B.1.1.418
B.1.1.419
B.1.1.420
B.1.1.421
B.1.1.422
B.1.1.423
B.1.1.424
B.1.1.425
B.1.1.426
B.1.1.427
B.1.1.428
B.1.1.429
B.1.1.43
B.1.1.430
B.1.1.431
B.1.1.432
B.1.1.433
B.1.1.434
B.1.1.435
B.1.1.436
B.1.1.437
B.1.1.438
B.1.1.44
B.1.1.440
B.1.1.441
B.1.1.442
B.1.1.444
B.1.1.445
B.1.1.446
B.1.1.447
B.1.1.448
B.1.1.449
B.1.1.45
B.1.1.450
B.1.1.451
B.1.1.452
B.1.1.453
B.1.1.456
B.1.1.458
B.1.1.459
B.1.1.46
B.1.1.461
B.1.1.462
B.1.1.463
B.1.1.464
B.1.1.465
B.1.1.466
B.1.1.467
B.1.1.47
B.1.1.48
B.1.1.480
B.1.1.481
B.1.1.482
B.1.1.483
B.1.1.484
B.1.1.485
B.1.1.486
B.1.1.487
B.1.1.49
B.1.1.5
B.1.1.50
B.1.1.500
B.1.1.506
B.1.1.507
B.1.1.51
B.1.1.512
B.1.1.513
B.1.1.514
B.1.1.515
B.1.1.516
B.1.1.517
B.1.1.518
B.1.1.519
B.1.1.52
B.1.1.521
B.1.1.522
B.1.1.523
B.1.1.524
B.1.1.525
B.1.1.526
B.1.1.528
B.1.1.53
B.1.1.54
B.1.1.55
B.1.1.56
B.1.1.57
B.1.1.58
B.1.1.59
B.1.1.61
B.1.1.62
B.1.1.63
B.1.1.67
B.1.1.7 (Alpha)
B.1.1.70
B.1.1.71
B.1.1.72
B.1.1.74
B.1.1.75
B.1.1.77
B.1.1.8
B.1.1.82
B.1.1.83
B.1.1.84
B.1.1.86
B.1.1.87
B.1.1.88
B.1.1.89
B.1.1.90
B.1.1.91
B.1.1.92
B.1.1.93
B.1.1.95
B.1.1.97
B.1.1.98
B.1.1.99
B.1.103
B.1.104
B.1.105
B.1.106
B.1.108
B.1.110
B.1.110.1
B.1.110.2
B.1.110.3
B.1.111
B.1.112
B.1.113
B.1.115
B.1.116
B.1.117
B.1.118
B.1.119
B.1.12
B.1.120
B.1.124
B.1.126
B.1.127
B.1.128
B.1.13
B.1.131
B.1.134
B.1.137
B.1.139
B.1.14
B.1.140
B.1.142
B.1.143
B.1.145
B.1.146
B.1.147
B.1.149
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B.1.153
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BA.2.40.1 (Omicron_BA.2)
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BA.2.5 (Omicron_BA.2)
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BA.2.9 (Omicron_BA.2)
BA.2.9.1 (Omicron_BA.2)
BA.2.9.2 (Omicron_BA.2)
BA.3 (Omicron)
BA.3.1 (Omicron)
BA.4 (Omicron)
BA.5 (Omicron)
BA.5.1 (Omicron)
BB.2
C.1
C.1.1
C.1.2
C.10
C.11
C.12
C.13
C.14
C.16
C.17
C.18
C.19
C.2
C.2.1
C.20
C.21
C.22
C.23
C.25
C.26
C.27
C.28
C.29
C.3
C.30
C.30.1
C.31
C.32
C.33
C.34
C.35
C.36
C.36.1
C.36.2
C.36.3
C.36.3.1
C.37 (Lambda)
C.37.1 (Lambda)
C.38
C.39
C.4
C.40
C.5
C.6
C.7
C.8
C.9
D.2
D.3
D.4
D.5
G.1
K.1
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K.3
L.1
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S.1
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U.3
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V.1
V.2
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W.4
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XB
XC
XD
XE
XF
XG
XH
XJ
XK
XL
XM
XN
XP
XQ
XR
XS
XT
XU
XV
XW
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Z.1

All
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Omicron BA.1 (BA.1*)
Omicron BA.2 (BA.2*)
B.1.1.318 (B.1.1.318 and AZ.*)
───────────────────
A
A.1
A.11
A.12
A.15
A.16
A.17
A.18
A.19
A.2
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A.2.5.3
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A.24
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AA.7
AA.8
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AE.6
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AE.8
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AH.1
AH.2
AH.3
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AM.3
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AY.70 (Delta)
AY.71 (Delta)
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AY.99.1 (Delta)
AY.99.2 (Delta)
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B
B.1
B.1.1
B.1.1.1
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B.1.1.319
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B.1.1.400
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B.1.1.47
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BA.1.15.2 (Omicron_BA.1)
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BA.5.1 (Omicron)
BB.2
C.1
C.1.1
C.1.2
C.10
C.11
C.12
C.13
C.14
C.16
C.17
C.18
C.19
C.2
C.2.1
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C.30.1
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C.37 (Lambda)
C.37.1 (Lambda)
C.38
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C.4
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C.9
D.2
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D.5
G.1
K.1
K.2
K.3
L.1
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L.3
L.4
M.1
M.2
M.3
N.1
N.10
N.2
N.3
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N.7
N.8
N.9
None
P.1 (Gamma)
P.1.1 (Gamma)
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P.1.7.1 (Gamma)
P.1.8 (Gamma)
P.1.9 (Gamma)
P.2
P.3
P.4
P.5
P.6
P.7
Q.1 (Alpha)
Q.2 (Alpha)
Q.3 (Alpha)
Q.4 (Alpha)
Q.5 (Alpha)
Q.6 (Alpha)
Q.7 (Alpha)
Q.8 (Alpha)
R.1
R.2
S.1
U.1
U.2
U.3
Unassigned
V.1
V.2
W.1
W.2
W.3
W.4
XA
XB
XC
XD
XE
XF
XG
XH
XJ
XK
XL
XM
XN
XP
XQ
XR
XS
XT
XU
XV
XW
Y.1
Z.1

Human
Aonyx cinereus (Asian small-clawed otter)
Arctictis binturong (Bearcat)
Canis lupus familiaris (Dog)
Chlorocebus sabaeus (Green monkey)
Crocuta crocuta (Spotted hyena)
Cygnus columbianus
Environment
Felis catus (Cat)
Gorilla gorilla (Western gorilla)
Gorilla gorilla gorilla (Western lowland gorilla)
Hippopotamus amphibius (Hippo)
Mesocricetus auratus (Syrian hamster)
Mus musculus (House mouse)
Mustela furo (Ferret)
Mustela putorius furo (Ferret)
Nasua nasua (South American coati)
Neogale vison (American mink)
Neovison vison (American mink)
Odocoileus virginianus (White-tailed deer)
Panthera leo (Lion)
Panthera tigris (Tiger)
Panthera tigris jacksoni (Malayan tiger)
Panthera tigris sondaica (Javan tiger)
Panthera tigris tigris (Tiger)
Panthera uncia (Snow Leopard)
Phodopus roborovskii (Roborovski dwarf hamster)
Prionailurus bengalensis euptilurus (Leopard cat)
Prionailurus viverrinus (fishing cat)
Puma concolor (Cougar)
Rhinolophus affinis (Intermediate horseshoe bat)
Rhinolophus bat (Lesser horseshoe bat)
Rhinolophus malayanus (Malayan horseshoe bat)
Rhinolophus marshalli (Marshall's horseshoe bat)
Rhinolophus pusillus (Least horseshoe bat)
Rhinolophus shameli (Shamel's horseshoe bat)
Rhinolophus sinicus (Chinese rufous horseshoe bat)
Rhinolophus stheno (Lesser brown horseshoe bat)

country
state/province
city/local